Siamo nella prima metà del Cinquecento , il 10 settembre 1504 muore Filiberto II di Savoia , gli succedette il fratellastro Carlo, che trovò lo stato in condizioni finanziarie assai precarie. Cercando di risanare almeno in parte il grave deficit prodotto dai governi precedenti, si alleò con Luigi XII nella lega di Cambrai contro il ducato di Milano. A Luigi XII successe (1º gennaio 1515) Francesco I, nipote dello stesso Carlo II di Savoia (il padre di Francesco I, Carlo, conte d'Agoulême, aveva sposato Luisa di Savoia, figlia di Filippo II di Savoia e di Margherita di Borbone) e capostipite della dinastia regale francese dei Valois-Agoulême.A causa dell'amicizia con il Re francese, il ducato di Savoia venne invaso dalle truppe mercenarie svizzere assoldate da papa Leone X cui Carlo aveva negato il transito per la Francia. Dopo i guai conseguenti alla lega di Cambrai il rinnovato conflitto franco-svizzero per il possesso di Milano aveva condotto nel 1513 Svizzeri e Sforzeschi con 400 lance spagnole e 400 fanti comandate da Prospero Colonna il giorno 11 giugno fino a San Germano Vercellese, che venne saccheggiata e abbruciata, e poi fin quasi a Torino.

Dopo questo fatto d'arme che coinvolse il borgo di San Germano , il paese ritornò alla cronaca di nuovo nel 1536 .Dopo un ulteriore avvicinamento di Carlo II all'Imperatore Carlo V, manifestatosi con l'invio del figlio di Carlo II Ludovico a Madrid per esservi educato, fornì il pretesto a Francesco I per invadere la Savoia l'esercito francese attraversate le Alpi, invase il Piemonte . Il Duca di Savoia il 27 di marzo decide di abbandonare Torino : mentre la duchessa ed il giovane Emanuele Filiberto lasciano il castello , fa partire per via fluviale le artiglierie e tutto quanto può salvare e con  gli oggetti preziosi con destinazione Milano, ed egli scappò a S. Germano con il figlio Emanuele Filiberto, per poi chiudersi a Vercelli. . A San Germano in quel periodo vi erano a presidio , due compagnie di fanti italiani comandate da Francesco Da Prado . Aveano il comando dell' esercito Francese l'ammiraglio Filippo Chabod signor di Brione e Guglielmo conte di Frustambergo uniti al marchese di Saluzzo, i quali mandarono un araldo ai Torinesi a domandare che si arrendessero al re di Francia e togliessero via da tutti i luoghi pubblici le armi e le insegne del duca di Savoja minacciando ferro e fuoco se non si rendevano. Al primo d'aprile giunse l'esercito nemico ai sobborghi. 1 cittadini ne diedero avviso con un corriere , al duca che si trovava ancora in S. Germano, ed egli rescrisse: a Sindici e Consiglieri che provvedessero alla lor salute e  alla necessità. Aprirono allora i Torinesi le porte, protestando che non intendevano con ciò di pregiudicar le ragioni del loro principe naturale, nè di pregiudicare la libertà ed i privilegi che aveano. I Francesi entrarono in città addì 2 d'aprile del 1536. L'esercito francese comandato dall'Ammiraglio Philippe De Chabot dopo aver conquistato Torino passa la Dora il 15 aprile con ottocentodieci lance, mille uomini di cavalleria leggera, e ventitremila fantaccini francesi e si avvicina al vercellese .La permanenza del duca nel castello di San Germano , non fu lunga , infatti dopo pochi giorni si trasferisce a Vercelli .

Nel frattempo il Duca Carlo II , chiede aiuto all'Imperatore Carlo V , che invia in soccorso di Vercelli  il Governatore di Milano , lo spagnolo Antonio De Leyva o (Di Leva ). L' 8 maggio 1536 Antonio di Leva passa il fiume Sesia Il governatore  avendo ricevuto grandi rinforzi, e tali che il suo esercito si trovò composto di quaranta mila fanti e dieci mila cavalli, vide ben presto giungere l'Imperatore per pigliarne egli stesso il supremo comando. Un esercito cosi poderoso tragittò il fiume Sesia nel di 8 di maggio di quell'anno 1536 e si accampa a San Germano in attesa di proseguire verso Torino , che verrà liberata dall'occupazione francese nel mese di Giugno. Nel frattempo l'esercito francese che era arrivato fino alle porte di Vercelli , si ritira precipitosamente verso Torino e Ivrea. Carlo II era troppo debole, sia economicamente che militarmente, per poter sperare di riprendersi le città perdute e, ben presto dimenticato, nemmeno cercò di ristabilire il suo potere in Piemonte. Ridotto con le sole province di Aosta, Vercelli e Nizza, l'infelice Carlo II morì in Vercelli il 17 agosto 1553 e fu sepolto in una cappella del duomo di questa città.

Il 15 settembre 1536 muore Il Governatore di Milano Antonio di Leva , al suo posto viene nominato Alfonso III d'Avalos detto il Marchese Del Vasto , il quale decide di ridurre nella cittadella di Vercelli i soldati e le artiglierie tolti a San Germano

Per San Germano e il suo territorio cominciò un periodo difficile per la popolazione , il borgo rimase per circa un trentennio in balia di continue scaramucce tra l'esercito Francese e l'esercito imperiale che si divisero a fasi alterne l'occupazione del paese.

DON FERRANTE GONZAGA

La situazione del territorio fino alle porte di Vercelli si era fatta alquanto insicura . Lo stesso Duca Carlo II , nel settembre 1547 rischia di essere catturato dai francesi nei dintorni di San Germano , mentre è in viaggio verso Santhià. " Hiery matina passò per questa terra in diligentia un homo mandato dal Duca di Savoia al Sgr Don Ferrante per farli intendere che francesi li haveano fatto un'imboscata apresso San Germano e quasi preso. L'imboscata haver fatto francesi al Duca di Savoia è stata in questo modo. Volendo il Duca andar a Santià , loco non molto distante a  Vercelli , intese che alcuni cavalli francesi che era in quella terra e haveano fatto un un poco di moto , e che voleano farli un'imboscata , per il quale mutò proposito d'andarvi , e scrisse al Sgr Don Ferrante , il quale pareva che avessi già ordinato che la guardia de  Spagnolich'è in San Germano sotto un Capitano nominato Sgr Michele ( San Miguel ) entrasse in Vercelli , et che non è stato di molta soddisfazione al Duca.".

Il Duca Carlo II si lamenta con Don Ferrante Gonzaga che dopo la morte di Alfonso D'Avalos era stato nominato Governatore di Milano , e che togliendo il presidio di soldati di stanza a San Germano spostandoli a Vercelli , aveva di fatto sguarnito il territorio verso Santhià.

Don Ferrante di Gonzaga aveva anche richiesto agli abitanti di Crescentino e San Germano che se volevano una guarnigione di soldati a protezione dei luoghi , avessero provveduto sia al loro mantenimento che alle riparazioni delle fortificazioni.  La risposta dei sangermanesi la conosciamo dalla lettera che Gentile da Beccaria scrive al Duca il 26 maggio 1552. "Anche quelli di San Germano preferiscono correre il pericolo di un occupazione francese che non sopperire alle spese di opere minute".

Al tempo di Ferrante Gonzaga governatore di Milano e protettore di quello che rimaneva del Ducato di Savoia ,Gentile Beccaria era il comandante della piazza di San Germano, ed altre Castella intorno al Piamonte. Molte altre terre o per amore o per timore rendevano loro obbedienza , al duca di Savoia. o, per meglio dire, ai Cesariani per nome di don Ferrante Gonzaga appartenevano anche Asti, Lanzo, Viù. Volpiano, San Benigno, Favria, Alba , Passano. Passarono, Chinsano, Vercelli, Santia con quasi tutto il Vercellese, (Ceva, Cherasco, Cardero, Busca, Verrua, Crescentino, Trino, San Germano, Casale, Valenza, Alessandria con molte altre terre , che o per terrore di Spagna o per amore del duca Carlo, quantunque disarmate fossero, seguitavano le insegne contrarie a Francia.

Ferrante Gonzaga era un brigante oggi mai venuto in odio, non che ai nemici, agli amici, ed insino al suo stesso padrone, mentre Brissac (francese ) , uomo giusto ed umano operava per modo che e dai nemici fosse rispettato e dagli amici amato. Incredibili le rapine degli Spagnuoli e Tedeschi, e le cose ridotte a tale, che il povero duca Carlo non aveva peggiori nemici che isuoi amici. Con assai maggiore moderazione si comportavano i Francesi, che non solo si astenevano dal sacco, ma in mezzo a quel tumulto di guerra pensavano ad aprire fonti (l'industria, canali per le irrigazioni, strade poi commercio. Dicevano i Piemontesi‘ Quando finirà che questi buoni Francesi ci vengano a liberare da codesti marroni! parlando degli Spagnuoli, e veramente lo sdegno era giusto.

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Le cronache dell'epoca ( Denina ) ricordano che "che men triste fosse la condizione di quel tratto di Piemonte occupato dai Francesi intenti a farne una provincia del loro reame, che non la parte tenuta dagli imperiali, i quali in aspetto (1’ ospiti 0 d’ausiliarii del legittimo principe, non si curavano d’altro che di spolpare altrui per impinguare se stessi. A noi tuttavia che teniamo per principalissimo bene d’un popolo l’avere propria indipendenza politica, non arride il vantaggio dell’ occupazione straniera ,. e. solo pare mirabile che, dopo tante sventure in tale conflitto di prepotenti vicini, abbia .il Piemonte potuto serbarsi a’ migliori destini del principato della casa di Savoia."

. Il paese in questi venticinque anni che corsero dall’invasione Francese nel 1536 alla restituzione di Torino fattasi al duca Emanuele Filiberto entro l’anno 1562, fu aspramente trattato.

Il territorio di San Germano e del Vercellese nel 1536

Carlo II di Savoia

Marchese del Vasto

Do Ferrante Gonzaga

Antonio De Leyva

Philippe De Chabot