Gli anni della Controriforma
Siamo nella seconda metà del Cinquecento , è appena terminato il Concilio di Trento , e la reazione della chiesa alla riforma protestante , fà sentire i sui effetti anche a San Germano.
L'inventario dell'archivio arcivescovile di Vercelli ci informa semplicemente del processo, avvenuto nel 1560, contro "magistrum Antonium de Coto de Sancto Germano" . L'11 settembre 1595, nella sua deposizione già ricordata, G.P. Barocio dichiara: "Ha di più inteso che dell'anno 1560, se bene si ricorda, fu detenuto uno in Vercelli per eresia il cui nome e cognome non sa" . Poco meno vaga è la deposizione, resa il 15 settembre dello stesso anno, del chierico Eusebio Marinone: "Ha detto che dell'anno 1560 essendo inquisito un fu M. Antonio Totocavallo, cirogico di S. Germano, per conto d'eresia, non ricordandosi per quali capi [...]. Entrambe le deposizioni concordano nel ricordare che era presente al dibattimento l'allora senatore Ottaviano Cacherano di Osasco e che gli atti processuali erano rimasti presso il notaio Francesco Bernardino Mosso . Anche in questo caso è difficile individuare i motivi del processo, né le testimonianze sopra ricordate ci illuminano sugli sviluppi e le conclusioni dello stesso. Possiamo solo pensare che egli, come altri medici del suo tempo resisi sospetti agli occhi del S. Uffizio , abbia manifestato una pericolosa attenzione alle diverse esperienze religiose e una eccessiva curiosità, connaturata con gli studi fatti, alle nuove idee scientifiche spesso intercalate da pratiche magiche ed occultistiche. Sono gli anni più vivaci della polemica dottrinale su Galeno, i cui dogmi vengono fatti oggetto di una accesa discussione , che può facilmente sconfinare dal terreno anatomo-fisiologico a quello filosofico e teologico.Non è un caso quindi che, pochi anni dopo il Totocavallo, un altro medico vercellese, Giuseppe Facini, sia preso di mira dall'Inquisizione..
L'11 settembre 1595, interrogato circa le procedure dell'Inquisizione in Vercelli, il causidico Giovan Pietro Barocio da S. Germano ricorda la vicenda di una donna condannata a morte per stregoneria e poi assolta per l'intervento di Cassiano Dal Pozzo, all'epoca presidente del Senato di Piemonte . Il fatto dovrebbe quindi essere avvenuto tra la nomina del Dal Pozzo a presidente A° settembre 1553 oppure 1° marzo 1560 e l'anno 1570, allorché dopo alcune trattative, il duca Emanuele Filiberto concede senza riserve il braccio secolare all'Inquisizione di Vercelli . Se quanto sopra esposto dovesse risultare confermato da altri documenti, saremmo di fronte alla prima condanna a morte, ancorché non eseguita, della Controriforma vercellese